O Museu das Culturas Indígenas desenvolve uma proposta inovadora de gestão compartilhada com protagonismo do Conselho Indígena Aty Mirim, composto por lideranças de diversos povos indígenas de São Paulo. É uma instituição museológica de caráter dialógico, participativo e de expressão de diversas vozes e culturas indígenas. Criado com o propósito de articular, pesquisar, fortalecer e comunicar as histórias e memórias de resistência e resiliência indígenas, a arte indígena e produções artísticas, intelectuais e tecnológicas dos diversos povos e etnias indígenas em São Paulo.